Presentazione
Si trova menzionata fin dal 1142. Nel 1236 è ancora annoverata tra le chiese minori della città quando il vescovo Matteo, ad istigazione del papa che dimorava ancora in Viterbo, provvede a comporre i dissensi tra i dignitari e i canonici delle collegiate e i cappellani delle chiese minori, circa la distribuzione delle procurazioni e l’ordinazione dei rettori del Clero. Nel 1291 riceve indulgenze e privilegi dal papa Nicolò IV per intercessione del vescovo Pietro. Alla fine del XIII secolo la cattedrale di Viterbo, per la munificenza dei papi e dei cardinali e per le oblazioni dei fedeli si andava arricchendo e le rendite della chiesa di S. Biagio andavano ad impinguare quelle della cattedrale. È sede dell’Arte dei Mercanti che si sviluppa nella Via di S. Biagio dove sorgono i principali fondachi. Caduta presto in stato di abbandono, nel 1524 ne rimaneva soltanto l’altare maggiore e la tribuna, scoperchiata ed aperta, vi praticavano animali immondi, viene concessa a Pellegro Regio, mercante genovese stabilitosi a Viterbo, per riedificarla. Nel 1562 è soppressa come parrocchia, le rendite vengono rimesse alla chiesa di S. Maria Nuova, la cura delle anime distribuita tra S. Maria Nuova, S. Leonardo e S. Pellegrino. Nel 1565 nella chiesa prende stabile residenza la Compagnia della Trinità o dello Spirito Santo, istituita in quello stesso anno, che la restaura nel 1593 col sussidio del Comune. Nel 1917 la Congregazione di Carità concede in enfiteusi la chiesa. Dal 1927 è chiusa al culto e adibita a deposito di rottami metallici per le industrie di guerra. Divenuta di proprietà privata negli anni 70 del 1900 è adibita ad altro uso.